Müharibə qurtardıqdan sonra, dövlət təhlükəsizlik orqanlarının yenidən təşkilatlanması çərçivəsində, hərb şəraiti üçün yaradılmış aparatlar ləğv olundu. Bunun nəticəsində sovet dövlət təhlükəsizlik orqanlarının strukturu xeyli sadələşdirildi. 

Sov.İKP MK plenumunun, SSRİ Nazirlər Sovetinin və SSRİ Ali Sovetinin 1953-cü il 7 mart tarixli birgə qərarı ilə SSRİ Dövlət Təhlükəsizlik Nazirliyi və SSRİ Daxili İşlər Nazirliyi bir orqanda – SSRİ Daxili İşlər Nazirliyində birləşdirildi.

Lakin bir müddət sonra, 1954-cü il 13 mart tarixli fərmanla SSRİ Nazirlər Soveti yanında Dövlət Təhlükəsizlik Komitəsi (DTK) yaradıldı. Onun tərkibinə 1953-cü ilin martınadək mövcud olan keçmiş Dövlət Təhlükəsizliyi Nazirliyinin baş idarələri və müstəqil şöbələri daxil edildi. Müttəfiq və muxtar respublikaların Ali Sovetləri Rəyasət Heyətlərinin müvafiq fərmanına əsasən bu respublikaların Nazirlər Soveti yanında Dövlət Təhlükəsizlik Komitələri, diyar və vilayətlərdə isə Dövlət Təhlükəsizlik Komitəsinin müvafiq idarə və şöbələri yaradıldı. Şəhər və rayonlarda isə Daxili İşlər Nazirliyinin keçmiş şəhər şöbə və bölmələrinin yerində Dövlət Təhlükəsizlik Komitəsinin müvəkkil aparatları təsis edildi.

Ölkədəki dəyişmiş əməliyyat şəraitini nəzərə almaqla bir sıra rayonlarda dövlət təhlükəsizlik orqanlarının aparatları buraxıldı. Sov.İKP MK və sovet hökuməti 1957-ci ildə dövlət sərhədlərinin möhkəmləndirilməsi məqsədilə Sərhəd Qoşunları Baş İdarəsinin SSRİ DİN-dən SSRİ Nazirlər Soveti yanında Dövlət Təhlükəsizlik Komitəsinin tərkibinə keçirilməsi haqqında qərar qəbul etdi.

Sov.İKP MK və SSRİ Nazirlər Sovetinin 2 mart 1959-cu il tarixli qərarı ilə SSRİ Nazirlər Soveti yanında Dövlət Təhlükəsizlik Komitəsi və onun yerli orqanlarının Əsasnaməsi qəbul edildi. Həmin Əsasnaməyə uyğun olaraq Sov.İKP MK və SSRİ Nazirlər Sovetinin qərarlarının yerinə yetirilməsinə, eyni zamanda dövlət təhlükəsizlik orqanlarının işinin təşkilinə və bu orqanların fəaliyyətinə dair məsələlərə baxmaq məqsədi ilə SSRİ DTK-nın kollegiyası yaradıldı. Kollegiyaya komitə sədri, onun müavinləri, komitənin və onun yerli orqanlarının rəhbər işçiləri daxil edildi.

DTK-nın qarşısında duran əsas vəzifələrdən biri də təhlükəsizlik orqanlarının 1920-1950-ci illərdə itirilmiş nüfuzunun özünə qaytarılması idi. 1956-cı ilin iyun ayının 30-da “Şəxsiyyətə pərəstiş və onun nəticələrinin aradan qaldırılması haqqında” qərar qəbul edildi.  Bu qərarla stalinizmin 20-50-ci illərdə törətdiyi cinayətlərə hüquqi-siyasi qiymət verildi və İ.V.Stalin bütü sındırıldı. Onunla birgə fəaliyyət göstərən, totalitar rejimi idarə edən qüvvələr həbs edildi. Bakıda SSRİ Ali Məhkəməsinin Hərbi Kollegiyası tərəfindən mühakimə edilən Y.D.Sumbatov-Topurudze, X.Qriqoryan, T.Borşov, S.Emelyanov, A.Atakişiyev, R.Markaryan törətdikləri cinayətlərə görə layiqli cəzalarını aldılar. Sistemin, rejimin,  imperiyanın özündəki qüsur və çatışmazlıqlar aradan tam qaldırılmasa da bu istiqamətdə ilk addımlar atıldı. 

Azərbaycanda və digər respublikalarda təhlükəsizlik orqanlarının fəaliyyətində keçmişdə baş vermiş sosialist qanunçuluğunun pozulmasının mənfi nəticələrinin aradan qaldırılması istiqamətində dövləti cinayətlərə görə mühakimə olunmuş, SSRİ-nin müxtəlif düşərgələrində, həbsxanalarında cəza çəkən, həmçinin sürgündə olan şəxslər barəsindəki işlərə yenidən baxıldı və onların bəzilərinə bəraət verildi. Hərbi əsir və legionerlərə münasibət tamamilə dəyişdi. Xüsusi üçlüklər və məhkəmə orqanları tərəfindən günahsız mühakimə olunmuş minlərlə adam bəraət alaraq azadlığa buraxıldı, bir çoxunun cəzaçəkmə müddəti azaldıldı, yaxud cinayət tərkiblərinə baxılaraq müvafiq hökmlər çıxarıldı.

SSRİ-nin hər yerində olduğu kimi, Azərbaycanda da milli dəyərlərin qorunması, babalardan miras qalmış adət-ənənələrin davam etdirilməsi, ərazi bütövlüyü, dinin və dilin qorunması və s. uğrunda mübarizə nisbətən genişləndi. Məsələn, 1957-ci ildə şair Məhəmməd Bağırzadə Biriya Azərbaycanın hökumət başçılarına ünvanladığı məktubda marksçı-leninçi məktəbləri bağlamağı, Marksın, Engelsin, Lenin və Stalinin heykəllərini götürməyi, kiril əlifbasından imtina edib əski əlifbaya qayıtmağı, türklərin düşməni olan erməniləri Azərbaycandan çıxartmağı, sərhədləri açmağı, sürgünə məhkum olunmuş bütün müsəlmanları vətənlərinə qaytarmağı və s. tələb edirdi.