Azərbaycan Dövlət Təhlükəsizlik Komitəsinin sədri vəzifəsinə uzun onilliklərdən sonra ilk dəfə olaraq azərbaycanlının - Ümummilli lider Heydər Əliyevin təyin edilməsi, bu orqanların tarixində yeni bir səhifənin başlanğıcı oldu. DTK-da ilk azərbaycanlı general olan dahi şəxsiyyətin uzaqgörən və məqsədyönlü fəaliyyəti nəticəsində təhlükəsizlik orqanlarında milli kadrların hazırlanması və irəli çəkilməsinə geniş yer verildi. Heydər Əliyevin DTK-dakı fəaliyyətinin istiqamətlərindən biri də ermənilərin və ermənipərəst qüvvələrin separatçı fəaliyyətinə qarşı yönəlmişdi. Belə ki,  1960-70-ci illərdə xarici xüsusi xidmət orqanları və onların ideoloji mərkəzləri SSRİ-dəki millətlərarası münasibətlərə böyük maraq göstərir, xaricdəki erməni lobbisi və onları dəstəkləyən qüvvələr vasitəsi ilə separatçı siyasət apararaq Naxçıvanın və Dağlıq Qarabağın Ermənistana birləşdirilməsinə yeni cəhdlər edirdilər. 

Xarici xüsusi xidmət orqanlarının, xüsusilə də “Daşnaksütyun” partiyasının respublikamızla əlaqədar fəaliyyətlərində canlanmanı görən Azərbaycan xüsusi xidmət orqanlarının rəhbərliyi Dağlıq Qarabağa diqqəti artırdı və əməkdaşlar qarşısında mühüm vəzifələr qoydu. Görülmüş tədbirlər nəticəsində 1967-ci ildə Xankəndi şəhərində gənclərdən ibarət qeyri-leqal millətçi qrup aşkar olundu. Bu qrup DQMV-nin tezliklə Ermənistana birləşməsi kimi millətçi-separatçı çağırışlar edir, təbliğat aparır və vərəqələr yayırdı. Keçirilmiş uğurlu əməliyyat tədbirləri nəticəsində qrupun fəaliyyəti ifşa edildi. Buna baxmayaraq, 1967-ci ilin iyul ayının 3-də Xankəndi şəhərində kütləvi iğtişaş baş verdi. Bu insidentin səbəbi guya cinayətkarların məhkəməsinin obyektiv aparılmaması olmuşdu. Məhkəmənin qərarı ilə razılaşmayan qohumlar məhkum olunmuş şəxslərə hücum edərək onları vəhşicəsinə qətlə yetirmişdilər. Keçirilmiş tədbirlər nəticəsində iğtişaşın 22 fəal iştirakçısı həbs olunmuşdu.

Sonradan DQMV milis idarəsi tərəfindən oğurluğa görə həbs edilmiş Yerevan sakini Qriqoryan 3 iyul hadisələri ilə əlaqədar həbs olunanların qisasını almaq və vilayətin rəhbərliyinə qarşı terror aktları keçirmək məqsədi ilə silahlı qrup yaratdıqlarını bildirmişdi. Keçirilmiş tədbirlər nəticəsində vaxtilə Yerevanda yerləşən hərbi hissələrin birindən oğurlanmış 4 ədəd Kalaşnikov tipli avtomat, 2 ədəd pulemyot, naqan və mauzer tipli tapança, onlar üçün ehtiyat hissələri və s. tapılmışdır. 

Heydər Əliyev 5 mart 1969-cu ildə Azərbaycan SSR DTK-nın əməliyyat heyətinin müşavirəsində bu məsələ ilə bağlı bildirdi: “1967-ci il 3 iyul tarixdə Xankəndində baş vermiş hadisələrin təşkilatçı və icraçılarının tərəfimizdən vaxtında müəyyənləşdirilməsi və həbsi digər millətçilərin fəaliyyətinə güclü zərbə vurmuş və onların işini xeyli zəiflətmişdi”. 

Dağlıq Qarabağda erməni millətçilərinin cinayətkar əməllərinin qarşısı vaxtında alınsa da, onlar yenə də etnik zəminində separatçı aksiyalar keçirir, bəzən bu aksiyalar terrorla da müşahidə olunurdu. Yaranmış şəraitdə ideoloji işin gücləndirilməsi, təbliğat və profilaktik tədbirlər istiqamətində də müəyyən addımlar atıldı. Nəticədə, analitik idarə, şöbə və bölmələrin yaradılması zərurəti ortaya çıxdı. Bu məqsədlə 1969-cu ildə DTK-nın mərkəzi aparatında və yerli orqanlarında məlumat-analitik struktur bölmələri yaradıldı. Məlumat-analitik struktur bölmələrinin yaradılması dövlət təhlükəsizlik orqanlarının praktiki fəaliyyətinin daha mükəmməl təşkilinin məntiqi davamı oldu.

1969-cu ildə Heydər Əliyevin sədrliyi ilə keçirilən Azərbaycan SSR Nazirlər Soveti yanında Dövlət Təhlükəsizlik Komitəsinin kollegiyasının 23 aprel tarixli iclasında aşağıdakı məzmunda qərar qəbul edildi: “Düşmənin pozuculuq fəaliyyətinin metodlarında, formalarında, taktikasında olan dəyişikliklərin analizi, təsnifatı, axtarışı, toplanması və verilməsi məqsədi ilə Azərbaycan SSRİ Nazirlər Soveti yanında DTK-nın Məlumat-analitik bölməsi yaradılsın”. DTK sədrinə tabe olan müstəqil bir struktur kimi bölmənin əsas vəzifəsi əldə edilən məlumatları təhlil etmək, proqnozlaşdırmaq və komitə sədrinə çatdırmaqdan ibarət idi. 

SSRİ Ali Soveti Rəyasət Heyətinin 5 iyul 1978-ci il tarixli qərarı ilə SSRİ Nazirlər Soveti yanında Dövlət Təhlükəsizlik Komitəsi SSRİ Dövlət Təhlükəsizlik Komitəsi adlandırıldı. SSRİ Ali Soveti Rəyasət Heyətinin bu qərarına uyğun olaraq 13 iyul 1978-ci ildə SSRİ Dövlət Təhlükəsizlik Komitəsinin sədri Y.V.Andropovun əmri ilə SSRİ Ali Sovetinin qərarının icrası yerlərdə təsdiqini tapdı. Bununla da DTK-nın Nazirlər Sovetindən asılılığına son qoyuldu. DTK birbaşa Sov.İKP MK-nın tapşırıqlarını yerinə yetirməyə başladı. 

1980-ci illərdə mövcud ictimai-siyasi vəziyyətlə əlaqədar olaraq xarici xüsusi xidmət orqanlarının SSRİ-yə marağı xeyli artdı. Həmin qüvvələr hüquq-mühafizə və hərbi hissələrdə, eləcə də DİN orqanlarında cəlbetməyə daha çox üstünlük verir və bu yolla ölkədə sabitliyin pozulmasına, casusluq fəaliyyətinin gücləndirilməsinə çalışırdı. Mərkəzi Komitə və DTK rəhbərliyi bu istiqamətləri müəyyənləşdirir, baş verə biləcək təxribatların qarşısını almaq məqsədi ilə müəyyən struktur dəyişiklikləri edir və ya yeni struktur bölmələri yaradırdı. 

1980-ci illərin sonlarında Azərbaycan SSR DTK-nın qarşısında duran əsas vəzifələr sərhədyanı dövlətlərin Azərbaycana qarşı yönəlmiş pozuculuq fəaliyyətinin qarşısını vaxtında almaq, xarici kəşfiyyatın Azərbaycandakı maraq dairələrini öyrənmək, hərbi rejim obyektlərini nəzarətdə saxlamaq, rəqibin ideoloji sahədə apardığı antisovet təbliğatlarının qarşısını almaq, daxildə baş verən milli münaqişələri yatırtmaq, bir sözlə, əməliyyat şəraitinə tam nəzarət etmək  idi.

Ümummilli lider Heydər Əliyev 1997-ci ildə MTN əməkdaşları ilə görüşündə haqlı olaraq bildirirdi ki, “1988-ci ildən Azərbaycanın milli təhlükəsizlik orqanlarında çox acınacaqlı, çox dəhşətli proseslər getdi. Burada bütün potensial, mənəviyyat, yaranmış milli ruh dağılmağa başladı”.

Heydər Əliyevin dediyi kimi, həmin illərdə milli münaqişələr geniş vüsət aldı. Hətta bəzi yerlərdə (məsələn, Sumqayıtda) münaqişələr müəyyən qüvvələr tərəfindən düşünülmüş surətdə yaradıldı. Həmin qüvvələrin rəhbərliyi altında 1988-ci ilin fevral ayının 28-də Sumqayıtda baş vermiş münaqişələr nəticəsində 32 nəfər həlak olmuş, 439 nəfər yaralanmış, 189 mənzil və 52 obyekt dağıdılmış, bütövlükdə Azərbaycana 7 milyon rubl məbləğində ziyan vurulmuşdu.

Sumqayıt hadisələri zamanı Azərbaycan xüsusi xidmət orqanlarının əməkdaşları demək olar ki, tamamilə təcrid edilmiş, əməliyyata nəzarəti Moskvadan gəlmiş prokurorluğun əməkdaşları və SSRİ DTK-nın səlahiyyətli nümayəndələri öz üzərlərinə götürmüşdülər. Hadisələrə birtərəfli yanaşan ermənipərəst sovet hüquq-mühafizə orqanları erməni vandallarının törətdiyi vəhşiliyi təhqiq etmək əvəzinə, azərbaycanlıları günahkar hesab etmiş, nəticədə azərbaycanlılardan bir neçə nəfərə güllələnmə hökmü oxunmuşdu. Bütövlükdə, ittihamın əsl hədəfinə məhz azərbaycanlılar çevrilmişdi. Belə ki, cinayət məsuliyyətinə cəlb edilmiş 91 nəfərdən 86 nəfəri azərbaycanlı, 2 nəfəri ləzgi, 2 nəfəri rus, yalnız 1 nəfəri erməni millətindən olmuşdu. 

Şəraiti günü-gündən kəskinləşdirən və “Böyük Ermənistan” xülyası ilə  yaşayan ermənilər həmin ərəfədə 142 min azərbaycanlını doğma ata-baba yurdlarından vəhşicəsinə qovmuş, az müddətdən sonra isə bu rəqəm 230 mini ötmüş və onlara küllü miqdarda maddi ziyan dəymişdi. Belə ki, ermənilər azərbaycanlılara məxsus 31 min evə, 165 sovxoz və kolxozun əmlakına, minlərlə mal-qaraya sahib çıxdı. Onların törətdikləri vəhşiliklər nəticəsində 225 nəfər azərbaycanlı öldürüldü, 1154 nəfər yaralandı, minlərlə adam isə təhqirə və işgəncəyə məruz qaldı. 

Göründüyü kimi, bu proseslər ermənilərin azərbaycanlılara qarşı törətdikləri genosid aksiyaları ilə müşayiət olunurdu. Tarixi qaynaqlara söykənən faktlarla sübut olunmuşdur ki, təkcə XX əsrdə minlərlə azərbaycanlı ermənilər tərəfindən öldürülmüş və indiki Ermənistan ərazisindəki tarixi dədə-baba torpaqlarından didərgin salınmışdır. Bundan başqa, 1988-1991-ci illərdə 15 mindən çox kürd və bir neçə min rus Ermənistandan qovuldu. Beləliklə, Ermənistan monoetnik bir dövlətə çevrildi.

Erməni millətçilərinin separatçılıq fəaliyyətləri Sumqayıt hadisələrindən sonra geniş vüsət aldı. 1988-ci ilin fevralından başlayaraq Ermənistanın paytaxtında və əyalətlərində antitürk mitinqlər keçirilməyə başlandı. Azərbaycanlılar yaşayan bölgələrə yalnız erməni millətçiləri tərəfindən deyil, dövlət rəhbərləri tərəfindən də təqiblər gücləndi və “Ermənistan türklərdən təmizlənməli” şüarı altında keçirilən bu aksiyalar milli münaqişələri yeni mərhələyə gətirib çıxardı. 

Sonrakı hadisələr də sübut etdi ki, Sumqayıt hadisələri ermənilərə azərbaycanlıları Ermənistandan və Dağlıq Qarabağdan çıxarmaq üçün lazım idi. Bundan məharətlə istifadə edən ermənilər minlərlə azərbaycanlını təqib və təzyiqlərə məruz qoydu və onların bir çoxunu vəhşicəsinə məhv etdi. 1988-ci ilin 24 fevralında Əsgəran rayonunda ermənilər 2 azərbaycanlı gənci qətlə yetirdi, 19 nəfəri isə yaraladılar. 1988-ci ilin noyabr-dekabr aylarında Sumqayıt hadisələrinin nəticəsi kimi Bakı, Naxçıvan, Gəncə, Zaqatala, Mingəçevir, Şəmkir, Xaçmaz, Şəki, Şamaxı şəhərlərində baş vermiş iğtişaşlarda 21 nəfər həlak olmuş, 280 nəfər yaralanmış, 288 mənzil, 12 dövlət idarəsi, 5 hüquq-mühafizə orqanının binası dağıdılmış və 6 avtomaşın yandırılmışdı. 

Azərbaycan xalqının hiddətinə səbəb olan bu vəhşiliklərə etiraz əlaməti kimi Bakı və Azərbaycanın digər yerlərində mitinq və nümayişlər keçirilməyə başlandı. Qısa bir zamanda həmin mitinq və nümayişlər xalq hərəkatına, milli istiqlal savaşına çevrildi.

Moskva hər vəchlə Azərbaycandakı xalq hərəkatını boğmağa çalışırdı. Bu işdə onlara Azərbaycan SSR DTK-nın rəhbərliyi də az köməklik göstərmirdi. Onlar Azərbaycandakı vəziyyət barədə məlumat verərkən xalq hərəkatının liderləri haqqında da böhtan xarakterli arayışlar verir, öz hüquqlarının müdafiəsinə qalxanları sabitliyi pozmaqda, qarşıdurma yaratmaqda, separatçılıqda, ekstremizmdə günahlandırırdılar. 1990-cı ilin yanvar ayının ortalarında Azərbaycan SSR DTK-nın sədri şifrəli teleqramla Moskvaya bildirirdi ki, respublika xaos vəziyyətindədir, qiyam ərəfəsindədir, qətiyyətli tədbirlər görülməsə Azərbaycan əldən gedə bilər. Bunlar bir daha göstərir ki, həmin dövrdə Azərbaycanın dövlət və hökumət rəhbərləri kimi onun güc strukturları da yalnız imperiyanın diqtəsi ilə hərəkət edir, xalqın vəziyyətini və taleyini o qədər də düşünmürdülər.

Maraqlıdır ki, Azərbaycan SSR DTK-sı tərəfindən Moskvaya göndərilən şifrəli teleqramlar içərisində o zaman təqaüddə olan Heydər Əliyev barədə də məlumatlar verilirdi: “Əvvəlki kimi… Heydər Əliyevin mövqeləri güclüdür. Əhali indiyədək Heydər Əliyevin adını ehtiramla çəkir… Heydər Əliyevin deputatlığa namizədliyini Azərbaycan SSR Ali Sovetinə Ordubad rayonundan irəli sürməyi, əlverişli şərait yarandığı halda isə onu Ali Sovet Rəyasət Heyətinin sədri vəzifəsinə seçməyi planlaşdırırlar”. Bununla da “DTK-çılar” hakimiyyətlə xalq arasında olan uçurumu bir qədər də dərinləşdirirdilər. 

Sovet hökuməti və onun güc strukturları özünün əsl imperiya simasını 1990-cı ilin yanvarında açıb göstərdi. Belə ki, əvvəlcə Azərbaycan televiziyasının enerji blokunu partlatdı, sonra isə 20 Yanvar faciəsini törətdi. Faktlar göstərir ki, xalqın müstəqilləşmək ideyasına qarşı çıxan hakim dairələr milli hərəkatı boğmaq üçün "20 Yanvar" ssenarisini əvvəlcədən hazırlamışdı. 

20 Yanvar faciəsinin səsini boğmaq, nümayişini dayandırmaq üçün yanvar ayının 19-da Azərbaycan televiziyasının enerji bloku partladıldı. Partlayış planının hazırlanmasında Ageyev, Bobkov, “Alfa” qrupunun rəhbəri Karpuxin, respublika DTK-nın 4-cü şöbəsinin rəisi İzmodenov və başqaları iştirak etmişdi. İstintaq sübut etmişdir ki, partlayış DTK işçiləri və hərbçilər tərəfindən törədilmişdir. Partlayış nəticəsində telestudiyaya 260 min manat məbləğində maddi ziyan dəymişdi. Bakıda SSRİ DTK-nın həddən çox əməkdaşı və əsasən də rəhbərləri toplaşmışdı. Demək olar ki, müxtəlif bəhanələrlə milliyyətcə azərbaycanlı olanlar işdən kənarlaşdırılmış və ya başqa bölgələrə göndərilmişdilər. Sovet ordusunun yanvarın 20-də həyata keçirdiyi bu qanlı aksiyalar nəticəsində 131 nəfər öldürülmüş, 744 nəfər yaralanmış, 4 nəfər itkin düşmüş, 400 nəfər isə həbs olunmuşdu. İmperiya tərəfdarları bu qanlı aksiyanı Bakı şəhərində həyata keçirməklə kifayətlənmədi, Azərbaycanın əyalətlərində də onlarla adam bolşevik terrorunun qurbanı oldu. 

Qeyd etmək lazımdır ki, Azərbaycan SSR DTK-nın milli düşüncəli azərbaycanlı əməkdaşlarının bir çoxu bu cinayət aksiyalarından narazı idilər və öz etirazlarını açıq ifadə edirdilər. Belə ki, 1990-cı il yanvarın 21-də, daha doğrusu, faciəli hadisələrin səhəri DTK-nın azərbaycanlı əməkdaşlarından bəziləri açıq partiya yığıncağı keçirərək, Bakı şəhərinə qoşun yeridilməsini və onun törətdiyi cinayətləri müzakirə edərək günahkarların məsuliyyətə cəlb olunmasını tələb etmişdi. Onların bəzisi Azərbaycan SSR DTK rəhbərlərinin etirazına baxmayaraq, xüsusi xidmət orqanlarının binasının müxtəlif yerlərinə qara bayraqlar taxmağa nail olmuş və etiraz əlaməti kimi partiya biletlərindən imtina etmişdi. 

20 Yanvar  hadisələrindən sonra təxminən bir il fəaliyyət göstərən DTK öz struktur bölmələrində müvafiq dəyişikliklər etdi. Lakin 1980-ci illərin sonu 1990-cı illərin əvvəllərində SSRİ-də, eləcə də Azərbaycanda baş verən ictimai-siyasi vəziyyət DTK orqanlarına da təsirsiz qalmadı. Zaman-zaman xalqdan gizlədilən imperiya siyasətinin bəzi məqamları açıqlandı. Ermənilərin təəssübkeşi kimi çıxış edən SSRİ rəhbərliyinin və onun hüquq-mühafizə, eləcə də təhlükəsizlik orqanlarının ermənilərə verdiyi dəstək, baş vermiş olaylara laqeyd münasibət Azərbaycan xalqının hiddətinə səbəb oldu, onlara inam tamamilə itdi və 1991-ci ilin noyabrında Azərbaycanda DTK-nın fəaliyyətinə son qoyuldu.