Sovet hökuməti istila etdiyi ərazilərdə əksinqilaba, sabotajçılığa qarşı mübarizə üzrə yerli Fövqəladə Komissiyalar (FK) təsis edirdi. Azərbaycan Xalq Cümhuriyyətinin işğalından dərhal sonra eyni proses ölkəmizdə də həyata keçirilməyə başladı və 1920-ci ilin aprel ayının 29-da Azərbaycan Fövqəladə Komissiyası (Azərbaycan FK) yaradıldı. Kadr və texniki çatışmazlıqlar səbəbindən həmin qurum əvvəllər XI Qırmızı Ordunun Xüsusi şöbəsi ilə birlikdə fəaliyyət göstərdiyindən Semyon Andreyeviç Pankratov XI Ordunun xüsusi şöbəsi ilə yanaşı Azərbaycan FK-ya da rəhbərlik edirdi. Moskvanın səlahiyyətli nümayəndəsi kimi onun respublikada hər bir işə müdaxilə etmək və hətta sorğu-sualsız ölüm hökmü çıxarmaq səlahiyyəti var idi. Pankratov vəzifə səlahiyyətlərini aşaraq Azərbaycan İnqilab Komitəsi ilə razılaşmadan kütləvi həbslər, güllələmələr və talanlar həyata keçirirdi. Azərbaycan İnqilab Komitəsinin vətənpərvər üzvləri hər vəchlə çalışırdı ki, Azərbaycan FK müstəqil xüsusi xidmət orqanı kimi fəaliyyətə başlasın və pankratovların, mirzoyanların, sarkislərin özbaşınalığına son qoyulsun. 1920-ci il mayın 14‑də Azərbaycan İnqilab Komitəsinin keçirdiyi iclasda Eyyub Xanbudaqov Fövqəladə Komissiyanın sədri Pankratov isə Fövqəladə Komissiya sədrinin müavini təyin edildi. Beləliklə də Azərbaycan Fövqəladə Komissiyası 1920-ci il mayın 18-də XI Qırmızı Ordunun xüsusi şöbəsindən ayrıldı və müstəqil fəaliyyətə başladı. Əslində bu müstəqillik də formal xarakter daşıyırdı. Çünki səlahiyyətləri getdikcə daha da artırılan XI Qırmızı Ordunun xüsusi şöbəsi Fövqəladə Komissiyanın işlərinə istənilən vaxt müdaxilə edə bilirdi. 

Azərbaycan FK-da 1921-ci ildə keçirilmiş islahatlar nəticəsində həmin ilin may ayından etibarən qurumda aşağıdakı şöbələr fəaliyyət göstərməyə başladı:

1. Ümumi şöbə. Şöbəyə maliyyə, komendantlıq, təsərrüfat hissəsi, xüsusi təyinatlı dəstə və tibbi hissə bölmələri daxil idi.

2. Məxfi-əməliyyat şöbəsi. Şöbə əməliyyat, məlumat, qeydiyyat bölmələri və istintaq-hazırlıq üzrə müvəkkillərdən ibarət idi.

3. İnzibati-təşkilati şöbə. Şöbə inzibati, təşkilat-təlimat bölməsindən ibarət idi.

4. Xüsusi şöbə. Şöbə əməliyyat, məlumat, qeydiyyat bölmələri və istintaq-hazırlıq üzrə müvəkkillərdən ibarət idi. 

Struktur bölmələr müəyyənləşəndən bir qədər sonra Azərbaycan KP MK Siyasi Bürosu 1921-ci ilin iyun ayının 21-də Azərbaycan SSR Fövqəladə Komissiyası haqqında Əsasnaməni də təsdiq etdi. Həmin Əsasnaməyə görə Azərbaycan FK əksinqilab, sabotaj, alverçilik, banditizm və vəzifədən sui-istifadəyə qarşı mübarizə aparan mərkəzi orqana çevrildi və Azərbaycan Xalq Komissarları Şurasına tabe edildi. 

Azərbaycan FK-nın tərkibində fövqəladə üçlüklər də fəaliyyət göstərirdi. Onlar heç bir sanksiya olmadan da qərar qəbul edə, güllələmələr həyata keçirə bilirdilər.